采收时先割去茎叶，挖去四周泥土，翻掘深度约0.33～0.5m(1～1.5尺)，再挖尾部泥土，这样可防止芍药主根被挖断。待主根全部挖出后，抖掉泥土，运至室内，割下芍根(把根头另放作种用)，剪去侧根或须根，修平凸面，切去头尾，按大中小分成三级，在室内堆2～3天，每天翻堆两次，促使芍根水分蒸发，质地变得柔软，便于加工。

芍药加工方法虽有不同，但大致可分为修削、擦白、煮制、干燥四个步骤。有些地区是采用先擦白(刮皮)，后煮制的方法，也有些地区是采用先煮制后刮皮的方法。

1.修削

用小刀将芍根上的须根削除干净(切勿用手扯，否则会留下许多下陷的麻根，影响品质，切去头尾，削平两端及表面凸出部分，使表面平整。

2.擦白

先将修削好的芍根装入箩里浸泡在流水或水塘中1～2h，使皮容易擦去。但浸泡时间不宜生长，否则会使部分根皮脱离。然后将芍根捞起放在木床上搓擦。木床高65～70cm，宽85～100cm，长约200cm，两侧有栏板，高17～20cm。在木床两边各站两人，各拿一木槌，两端互相交叉来回推动。推动时，加入一定量的黄沙以增加摩擦力。待表皮擦净后，用水洗净泥沙，浸于水中待煮。

3.煮制

芍根要当天浸当天煮，浸泡时间约为半天.不可太长。先将锅水(最好用铝锅)烧至80～90℃时，把芍根放入锅中，放水量以浸没芍根为度.每锅约放芍根15～25kg。先将锅密闭5min，然后打开，锅盖上下翻动，使芍根受热均匀.控制火力以保持锅内水微沸即可。若发现锅水过沸，要及时加入凉水，并上下翻动迅速使热度一致，因为锅水过沸，加热过快会使芍根表皮已熟，而内部浆液未吐尽还是生的。煮制的时间应视芍根的大小而定，一般小芍根5～8min，中等粗芍根8～12min，较大的芍根需12～15min。煮制好的芍根应迅速从锅中捞出，送至晒场摊晒。

4.干燥

将煮制好的芍根立即送到晒场摊晒，不可堆闷时间过长。如当天不能及时摊晒，应摊于通风处，切忌堆置，不然第二天芍根表面就会起滑，发黏影响品质。摊晒时先薄薄地摊开，暴晒1～2h，然后渐渐把芍根堆厚暴晒，使表皮慢慢收缩，这样晒的芍根表皮皱纹细致，颜色也好。

干燥芍根的包装一般采用细竹篓，先在竹篓四角垫上棕片或笋壳，再将晒干的芍药装入篓内。也可用麻袋包装。置通风干燥地方贮藏，严防受潮，要经常检查是否有受潮、霉变，要定期进行翻晒，翻晒要在温和的阳光下进行，忌烈日暴晒，以免变色翻红。为预防白芍在贮藏过程中发现虫蛀、霉变，在贮藏前可对芍根用挥发油熏蒸，方法是将芍根用10000:1比例的荜澄茄或丁香挥发油在密封状态下熏蒸6天。