母种可采用多种方法保藏，如用冰箱4-8℃低温保藏;液体石蜡保藏;最简易可行的是胶塞法。即用1号白胶塞，经高压或常压灭菌消毒后，在无菌条件下，拔去母种试管口的棉塞，换上白胶塞，并将试管上部及胶塞沾熔化的石蜡以密封保存即可。此种方法可不放冰箱，室温干净地方保存1-3年，斜面不干缩，菌种活力及出子实体能力均不变。
生产上主要用组织分离法。将野外生长的鲜灵芝采回，取其菌盖或菌柄组织。或用栽培灵芝正在生长着的子实体的一部分，用75%的酒精进行表面消毒后，采用无菌操作切取其内部组织为3-4毫米大小的块。分别放置于平板综合PDA培养基上。直径9厘米培养皿内匀开放置4-5块。或者在多支试管斜面培养基中部各放置一块，使组织块稍向下压密切浅陷于培养基表面，就像植物种子浅播在卜壤上。在25-28℃暗培养3-4天，就会发现小块组织周围有自色菌丝长出，即灵芝组织萌发的菌丝(如不是从组织块萌发或发现其他颜色菌落则为杂菌)。这时可挑选纯白无杂的灵芝菌丝先端，接种移植在新的斜面培养基上，仍在25-28℃暗培养，5-7天白色菌丝长满斜面，即得灵芝母种。灵芝菌丝本身是无色透明，有分隔及分枝的，表面常分泌有白色草酸钙结晶。众多菌丝聚集形成的菌落就呈白色。母种继续在25-28℃培养，菌丝层会进一步生长增厚，后期会产生韧质菌皮并产生黄色至浅棕色色素，此时菌种已老化，不易钩取转管，接新管后菌丝长速也慢。所以，栽培灵芝时应将分到的原始母种，在菌丝体满斜面后就接转新斜面，一般一支可转20-30支。新斜面7天后又可长满菌丝，这时可作为扩繁栽培种用外，应留数支进行保存，以备来年应用。
