黄芩苷为淡黄色针晶，熔点223℃，微溶于热冰醋酸，难溶于甲醇、乙醇、丙酮，几乎不溶于水、苯、氯仿中。黄芩苷有羧基，呈酸性，故可溶于碳酸氢钠、碳酸钠及氢氧化钠等碱性溶液中，在碱液中初显黄色，然后逐渐变为暗棕色。黄芩素为黄色针晶，熔点264~265℃，易溶于甲醇、乙醇、丙酮、乙酸乙酯，微溶于氯仿，较难溶于苯。黄芩素分子中具有邻三酚羟基，易被化转为醌类衍生物而显绿色，这是保存或炮制不当的黄芩能够变为绿色的原因，黄芩变绿后，有效成分受到破坏，质量随之降低。河南天 然植物原料厂的提取工艺显示，黄芩苷及汉黄芩苷都是C7位上羟基与葡萄糖醛酸结合的苷，分子中有羧基，酸性较强，在植物体内多以镁盐形式存在，所以能用沸水作为溶剂提取，然后在提取液中加酸酸化，使黄芩苷(总黄酮)析出。